深圳公司年報的辦理程序如下：商事主體中屬于公司、非公司企業(yè)法人、合伙企業(yè)、個人獨資企業(yè)、企業(yè)分支機構(gòu)的全部實行網(wǎng)上提交年度報告。即商事主體須通過網(wǎng)上年度報告系統(tǒng)按相關(guān)提示填寫、提交年度報告。商事主體中屬于個體工商戶的可以采取網(wǎng)上或者紙質(zhì)形式提交年度報告。個體工商戶采取紙質(zhì)形式提交年度報告的，需到轄區(qū)市場監(jiān)管所（科）提交。
外國企業(yè)常駐深圳代表機構(gòu)逾期未按規(guī)定提交年度報告的，深圳市市場監(jiān)督管理局責令限期改正，處以1萬元以上3萬元以下的罰款；逾期未改正的，吊銷登記證。
商事主體逾期未按規(guī)定提交年度報告的，深圳市市場監(jiān)督管理局將根據(jù)《深圳經(jīng)濟特區(qū)商事登記若干規(guī)定》的規(guī)定，將其從商事登記簿中移出，載入經(jīng)營異常名錄，并納入信用監(jiān)管體系。
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